الادارة التنفيذية في النادي تعمل على متابعة تنفيذ السياسات والااستراتيجيات التي تم رسمها من قبل مجلس الإدارة ومتابعة الانشطة ورفع تقرير بشكل دوري لمجلس الإدارة.
وتتكون الادارة التنفيذية من:
- المدير التنفيذي: أعلى منصب تنفيذي لنادي الأقصى وتناط به مسؤولية الإدارة والإشراف والتنظيم لأعمال ونشاطات النادي بالتعاون مع مسئولي الوحدات والدوائر ويتم التعاقد معه مباشرة من قبل مجلس ادارة النادي.
- مدير البرامج التنموية: تناط به مسؤولية الإدارة والإشراف والتنظيم لجميع المشاريع والبرامج التنموية الخاصة بنادي الأقصى الرياضي.
- مدير البرامج الرياضية: تناط به مسؤولية الإدارة والإشراف والتنظيم لجميع البرامج والأنشطة الرياضية الخاصة بنادي الأقصى الرياضي.
- المدير الإداري والمالي: تناط به مسؤولية إدارة الشؤون الإدارية والمصادر البشرية في النادي، كما تناط به مسؤولية إدارة الدائرة المالية.